國民黨潰逃臺灣之初，蔣經國出任“情報工作委員會”主任。但是，名義上歸他管轄的保密局局長毛人鳳卻處處不買他的賬，弄得蔣經國在臺灣諜報系統難以舒展筋骨。
毛邦初事件
年是美國的大選之年，蔣介石希望親臺的共和黨能在大選中獲勝，便一邊暗中向共和黨提供競選經費，一邊積極提供不利于民主黨政府的“炮彈”。這些勾當，由蔣經國特使毛邦初直接掌管。
毛邦初是蔣經國的表兄弟，其時正以空軍副總司令的身份駐美，表面上負責購買飛機、油料，實則主持院外游說。毛邦初的辦公室有一部直通蔣經國的電臺，定期向蔣經國匯報院外游說的進展情況。當時李宗仁也在美國，李、蔣明爭暗斗了幾十年，積怨甚深。此屆美國大選，兩人又唱開了對臺戲——蔣支持共和黨，李則支持民主黨。
毛邦初駐美的真實使命，民主黨心知肚明，便要李宗仁幫助，把共和黨的這個幫手給挖過來。李欣然應允，頻頻約毛邦初吃飯聊天。毛大大咧咧，從不推辭，全然不知他的身邊就有保密局特務，他和李宗仁的所有交往都被記錄在案。
不久發生一個變故：共和黨議員諾蘭訪臺，向蔣介石提出一個要求：代為主持臺灣空軍在美軍購。諾蘭是國會議員中的親蔣骨干，蔣介石哪敢冒犯，當即應承下來，指示毛邦初向諾蘭移交權力。在美軍購可是臺灣的一樁肥得流油的大買賣，毛邦初起初不肯撒手，但抗拒“君命”會有什么后果，他也想像得到。
于是，氣急敗壞的毛邦初索性把兩千多萬軍購款席卷一空，跑到墨西哥隱居起來；并且一不做二不休，潛逃之前把臺灣如何在美國搞院外游說，如何收買共和黨議員，以及諾蘭等如何向老蔣提供政治情報等等內幕一股腦兒給端了出來。傳媒大嘩，民主黨趁勢發起反擊，提議組建專門機構，就臺灣當局是否利用美國的援臺專款在國會山游說一事進行調查，參議院就此還形成了決議。
幸災樂禍的毛人鳳趕緊把關于毛邦初事件的詳細情報送到蔣介石案頭，期望蔣介石能據此查辦蔣經國。蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經國給扎扎實實地教訓了一通，弄得蔣經國好長一段時間抬不起頭來。
杜長城案
蔣經國遭此一劫，對毛人鳳恨得咬牙切齒，更加急于瓦解毛人鳳的鐵桶江山，將保密局“收歸國有”。用什么手段能達到這個目的？國民黨情報老手鄭介民向他獻了一計：開辦訓練班，召訓新生及復訓保密、內調兩局現有干部；在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體制，結束私人割據的局面。
這是對諜報系統的根本改革，也是對毛氏的“獨立王國”的根本動搖，非同小可，蔣經國豈敢擅自拍板，必須蔣介石點頭。而要蔣介石點頭，并不是一件容易的事，恰巧這時發生了杜長城案。
杜長城算是一個知名人士，曾在四平戰役中立有“戰功”。國民黨逃離大陸時，杜任國防部技術總隊隊長，負責破壞各種設施，阻滯解放軍前進；抵臺初期，在“保衛大臺灣”的口號下，技術總隊又設計出在海水中遇敵自動升起爆炸的多種詭雷，備受毛人鳳贊賞。毛有意提攜杜長城，想進一步委以重任。
當時正值陳誠以解放軍渡海作戰為假設，在臺灣海峽搞了幾次“海上大爆破”的軍事演習，杜長城利用這個機會，亂造預算，貪污了不少黃金，其中一部分送到毛公館，孝敬了毛夫人向影心。
在毛人鳳縱容下，他竟然異想天開，打算綁架蔣經國。誰知內情被蔣經國偵知，杜長城和他的親信多人被捕。軍法單位對如此大案不敢審決，將全部涉案名單上呈蔣介石。蔣介石一怒之下，用紅筆在呈文正面的名單上打個括號，批示“一律槍決”。杜長城及涉案的另一個毛氏親信胡凌影沒能逃過此劫，成了蔣經國的槍下鬼。
經過此案，蔣介石對毛人鳳開始失去信任，因而完全接受了蔣經國擬訂的諜報系統改革方案。等蔣介石一批定蔣經國的改革方案，一切便雷厲風行，毛人鳳大勢遂去，蔣經國便正式君臨臺灣諜報系統，成了地道的臺灣特工王。
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